Afin de combattre la pandémie à long terme, il est primordial de comprendre pourquoi un mutant s’impose plutôt qu’un autre. Une étude internationale conduite par l’Institut de virologie et d’immunologie (IVI) et l’Université de Berne, en collaboration avec l’Institut Friedrich-Loeffler en Allemagne, a apporté des réponses importantes en comparant en parallèle la propagation et la transmission de différents variants émergents. Cette approche est applicable dès lors à la comparaison de nouveaux variants tels que delta et omicron. Cette étude unique vient d’être publiée dans le journal scientifique Nature.

A l’heure où de nouveaux variants du SARS-CoV-2 ne cessent d’émerger et d’entretenir la pandémie, l’IVI et ses collaborateurs internationaux les ont étudiés dans des modèles animaux (in vivo) et dans des modèles d’interactions biophysiques et de cultures cellulaires (in vitro). La particularité de cette nouvelle étude est d’avoir mis ces variants en compétition directe dans différents modèles, ce qui a permis de comprendre lesquels ont un réel avantage à se propager.

Selon Charaf Benarafa, auteur de l’étude : « Pris séparément, chacun des variants apparait aussi efficace à se propager et à se transmettre que leur progéniteur, soit le virus initial : il est difficile de les départager. En recréant les conditions naturelles de compétition, c’est-à-dire lorsqu’un variant émergent et son progéniteur sont simultanément présents, il devient alors possible de déceler véritablement quel variant va préférentiellement se propager et se transmettre. Le challenge de notre étude était d’associer différents modèles expérimentaux pour comprendre les mécanismes ; et cette analyse combinée nous a finalement permis de mieux discerner les variants ».

Alpha gagnant dans les modèles restrictifs, bêta le « grand perdant »

La compétition entre les variants alpha et bêta et leur progéniteur démontre clairement que le variant alpha a un avantage. Charaf Benarafa précise : « Ce sont les modèles plus restrictifs pour le virus qui nous ont montré que le variant alpha domine et se propage mieux dans les voies respiratoires supérieures et se transmet plus efficacement. Tous les modèles indiquent aussi que le variant bêta est le « grand perdant ». Il semble donc que le variant bêta a bénéficié de circonstances épidémiologiques favorables pour se développer localement. Par contre, le variant alpha qui s’est répandu globalement, a démontré son haut potentiel intrinsèque de transmission grâce à ses mutations dans la protéine spike ».

Pendant ce temps, d’autres variants émergent

Prédire quel variant va mieux se propager et pourquoi continue d’être un défi. Seules des études approfondies permettent de mieux comprendre les facteurs associés à leur propagation. Selon Charaf Benarafa : « C’est grâce à une combinaison de différents modèles in vitro et in vivo que nous avons pu consolider nos résultats pour expliquer la domination du variant alpha dans des populations immunologiquement naïves. Maintenant qu’une proportion importante de la population est vaccinée, nous devrons aussi envisager l’impact de l’immunité sur l’avantage des nouveaux mutants émergeants »